Өңештің шырышты қабығының цилиндрлік жасушалық метаплазиясының патогенезінің көптеген нақты мәселелері бүгінгі күнге дейін түсініксіз болып қалады.
Асқазанның немесе он екі елі ішектің мазмұнының нәтижесінде жалпақ эпителийдің беткі қабаттарының өлуі өңеш шырышты қабығының дің жасушаларының беткей орналасуына алып келеді, олардың кейіннен бағаналы эпителийге «трансдифференциациялануы» кең таралған теория болып табылады.
Өңештің шырышты қабатындағы морфологиялық өзгерістердің «қадамдық» дамуының баламалы тұжырымдамасы биологиялық белсенді рефлюкс факторларының әсерінен дәйекті дифференциация нәтижесінде эпителийдің бір түрін (асқазан) екіншісімен (ішек) ауыстыруды білдіреді.
Бүгінгі күні өңештің шырышты қабығының цилиндрлік жасушалық метаплазиясындағы аденокарциноманың пайда болуының, дамуының және интраэпителиальды неоплазияның дамуының нәзік механизмдері анық емес.
Генетикалық зерттеулер хромосомалық аберрацияларды (4q, 5q, 8q, 9p, 17q, 13q 18q, 20q) және кездейсоқ гендік күшейтулерді (7q, 8q және 17q) сипаттады.
Канцерогенезде маңызды рөлді эпителий бағаналы жасушалары мен иммуноциттер арқылы реттеуші белоктар синтезіндегі геномдық мутациялар атқаруы мүмкін (циклооксигеназа 2, апоптозды реттегіш Bcl-2, транскрипция факторы p53, пролиферация ингибиторлары P16, P27, циклин D1-ERB, эпидермалық өсу факторы, Ішек метаплазиясы бар науқастарда апоптозды, пролиферацияны және фенотиптік біртектілікті бақылауды бұзуға әкелетін E-cadherin-catenin, Rb, APC, DCC, VHL және т.б. ісік супрессорлары.