Морфологиялық зерттеу Барреттің өңешін растаудың соңғы әдісі болып табылады. Өңештің шырышты қабығының цилиндрлік жасушалық метаплазиясында кездесетін барлық белгіленген морфологиялық құбылыстар гистологиялық есепте егжей-тегжейлі көрсетілуі және эндоскопиялық зерттеу деректерімен салыстырылуы керек.
Өңештің шырышты қабығының іргелі метаплазиясы микроскопиялық препараттарда асқазанның шырышты және париетальды (муцин түзетін және қышқыл түзетін) жасушаларының болуымен сипатталады.
Өңеш шырышты қабығының жүрек метаплазиясы біркелкі шырыш түзетін (муцин түзетін) жасушалардан түзілген асқазанның жүрек типті бездерінің пайда болуымен сипатталады. Дәл осы өзгеріс түрі ішек метаплазиясының кейінгі дамуының негізінде жатыр.
Өңештің шырышты қабығының ішек метаплазиясы неопластикалық трансформацияның ең үлкен мүмкіндігіне ие. Өзгерістердің бұл түрінің морфологиялық критериі болып үстіңгі шұңқыр эпителийінде немесе жеке бездердің арасында кездесетін бокал жасушалары табылады. Әдетте бокал жасушаларының сиаломуциндері алций көгімен, ал сульфомуциндер темір диаминімен жақсы боялады.
Ішек метаплазиясының таралуы Баррет өңешінің сегментінің ұлғаюымен артады. Бағаналы жасуша метаплазиясының ұзындығы 3 см немесе одан да көп болғанда, ішек эпителийінің ошақтары әрдайым дерлік анықталады.
Цилиндрлік жасушалық метаплазияның өңештің аденокарциномасына айналуы кезінде байқалатын морфологиялық өзгерістерді сипаттау үшін 2000 жылы халықаралық сарапшылар тобы әзірлеген «Асқорыту мүшелерінің интраэпителиальды неоплазиясының Вена консенсус классификациясын» қолданған жөн.
Анықталмаған интраэпителиальды неоплазия (дисплазия) цитологиялық және құрылымдық өзгерістермен сипатталады, олар ауыр қабыну процесімен де, регенеративті реакциямен де, шынайы неоплазияның бастапқы белгілерімен де туындауы мүмкін. Беткей эпителийінің сақталған жетілуі фонында дисплазияны болжайтын бездердің терең бөлімдеріндегі өзгерістер байқалады. Полярлықтың ішінара жоғалуы және бездердің жиналу дәрежесі анықталмаған неоплазияны орнату үшін жеткілікті. Цитологиялық деңгейде ядролардың гиперхроматозын, ядролық мембраналардың біркелкі еместігінің пайда болуын, эпителийдің терең бөлімдерінде митоздардың көбеюін анықтауға болады. Бұл кезде бетіндегі жетілген эпителий сақталады. Қабыну болған кезде айқын архитектуралық және жасушалық өзгерістер байқалады.
Өңештің бағаналы эпителийінің төмен дәрежелі интраэпителиальды неоплазиясы (дисплазиясы) ұзартылған шұңқырлары бар шырышты қабықтың папиллярлы өсінділерімен сипатталады. Микроскопиялық препараттар камбиальды қабат жасушаларының айқын пролиферациясын көрсетеді. Жарық деңгейінде эпителийдің әлсіз атипиясы анықталады: ядролардың гиперхроматозы және ядролық-цитоплазмалық қатынастың жоғарылауы. Ядролар ұзартылған, поляризацияланған және базальды орналасқан болып көрінеді. Әлсіз немесе орташа митоздық белсенділік бар. Бірақ эпителийдің жалпы архитектурасы бұзылмаған. Ұяшықтардың көп қатарлы орналасуы іс жүзінде кездеспейді.
Жоғары дәрежелі эпителийішілік неоплазияда (дисплазия) бокал жасушалары эпителийдің айқын пролиферациясына, оның жетілуі мен дифференциациясының бұзылуына байланысты жиі көрінбейді. Жасушалық атипияның айқын белгілері: анисокариоз, ядролық гиперхроматоз, ядролық-цитоплазмалық қатынастың күрт жоғарылауы, патологиялық митоздық фигуралармен жоғары митоздық белсенділік. Ядролар көбінесе жасушаның көп бөлігін алады, ал ядролық полярлық әдетте жоғалады. Ұяшықтар ретсіз, бірнеше қатарда орналасқан.
Интраэпителиальды карцинома жоғары дәрежелі неоплазиядан оның базальды мембранадан тыс шырышты қабаттың проприясына енуімен ерекшеленеді. Жарық деңгейде канцерогенездің бұл кезеңдерін ажырату өте қиын. Айырмаудың морфологиялық критерийлері соншалықты жақсы анықталмаған. Әдетте, карцинома пайда болған кезде проприаның сәулеленуі жойылады және проприада жеке ұсақ бездердің жоғалуымен «арқалы» кешендерді құрайтын без өсіндісінің синцитиальды түрі пайда болады. Кей жерлерде крибриформды комплекстер түзіледі.
Эпителийішілік карциноманың цитологиялық ерекшеліктеріне гиперхроматоз және ядролардың полиморфизмі анық емес контурлары және үлкен, шығыңқы ядрошықтары бар. Көптеген митоздар анықталады, соның ішінде патологиялық. Жасушаның жетілу және ішек дифференциациясының белгілері жоғалады. Әдетте, бұл кезеңде ішектің инвазиялық аденокарциномасына тән десмопластикалық компонент мүлдем болмауы немесе әлсіз көрінуі мүмкін. Бұл ерекшеліктің маңыздылығы инвазиялық карциноманың дамуымен артады.
Карцинома шырышты қабық асты қабатына еніп, десмоплазия пайда болған кезде морфологиялық өзгерістердің сипаты айқын болады.
Неопластикалық процестің ерте көріністерінің (төменгі дәрежелі ісіктері бар метаплазия) неғұрлым ауыр морфологиялық өзгерістерге (жоғары дәрежелі неоплазия немесе интраэпителиальды карцинома) ауысуы әрқашан сәйкес бола бермейді. Өңеш шырышты қабығының метаплазиясы бар жоғары дәрежелі неоплазия немесе аденокарцинома ең аз атипияның морфологиялық анықталған кезеңін айналып өтіп, күрт дамуы мүмкін.